В 1998-2001 годы в древней крепости сделано сенсационное открытие. Выявлена древняя гидротехническая система подземных сооружений, или, проще говоря, осадный колодец Тик-Кую Чуфут-Кале, которого просто не могло не быть в крепости такого ранга. Впрочем, память о такой системе сохранялась в преданиях; их достоверность блестяще подтвердили недавние открытия.

С давних пор вода в крепости была привозной - ее брали в источниках Карай-Чокрак и Гази-Мансур. Использовали также дождевую воду и снеговую воду. Запасы воды в виде снега и льда хранили в пещерах под соломой и войлоком.

В период осады воду доставляли из тайной системы гидротехнических сооружений. Когда крепость утратила былое военное значение, сведения о ней, имевшие скрытый характер, забылись. Но не всеми. Тайну расположения подземных сооружений передавали из поколения в поколение избранным; с течением времени ее хранителями стали старейшины и руководители народа караимов. Краткую информацию обнародовал караимский гахам (духовный руководитель) С.Шапшал в 1895 году "Караимы могли переносить продолжительную осаду благодаря тому, что близ Малых ворот Кырк-Йера имелся подземный ход к источнику, находящемуся у подножия скалы".

В 150 метрах западнее Малых ворот и в 35 метрах южнее стены Пенджере-исар (Стены с окном) расчищен вертикальный колодец диаметром от 1,8 до 2,2 метров на протяжении 27 метров; на глубине 25 метров к нему примыкает подземная галерея квадратного сечения 2 на 2 метра, которая полого поднимается на высоту 30 метров. Почти на всем ее протяжении вырублены ступени. Поблизости от места сопряжения галереи с колодцем ответвляется небольшой ход, расчистить который еще предстоит. Ниже галереи (на глубине 27 метров) колодец расширяется почти до 5 метров за счет пологого спуска - вырубленной в скальном массиве своего рода винтовой лестницы, уходящей от портала галереи в глубину колодца. Это, несомненно, Тик-кую - Прямой или перпендикулярный колодец караимских преданий.

Но вернемся к галерее. На ее своде местами видны мелкие сталактиты, что само по себе свидетельствует о ее древности; встречаются также поздние надписи (чаще копотью) караимским курсивом, арамейским квадратным курсивом и реже - на латыни. На месте выхода галереи на поверхность имелась башня, сложенная из крупных квадров. Высказано предположение, что эта система служила не только для скрытого подхода к воде. При необходимости в ней могли укрыться множество людей. В этом случае приобретают реальный смысл фольклорные сюжеты крымских караимов об исчезающем войске и о князе с отрядом джигитов, который обладал способностью появляться одновременно и на стенах крепости, и в тылу врага. Не исключено и культовое назначение подземного сооружения в нижней части колодца Тик-кую.

Вышеописанные подземные сооружения, на сегодняшний день оборудованные и доступные для осмотра, составляют лишь часть системы; ведется поиск продолжения уже открытого и других подземных ходов. Далее, предстоит серьезная исследовательская работа по осмыслению открытий и включению ее в систему оборонительных сооружений древнего Кыркора.